Comme très peu de clones au sein de l´armée républicaine, A-17, surnommé Alpha par Anakin Skywalker, fut sélectionné pour suivre un entraînement spécial par Jango Fett lui-même. Pendant dix ans il fut sous la tutelle du légendaire chasseur de prime, mais ce ne fut que deux mois après le début de la Guerre des Clones qu´il fut envoyé au combat pour la première fois. Les Séparatistes étaient sur le point de conquérir le complexe de clonage de Tipoca City sur Kamino lorsque Lama Su décida d´utiliser les ARC troopers. Il aida à sauver la deuxième ainsi que la troisième génération de clones produites pour la République par les Kaminos.

Le mois suivant il partit en mission avec Anakin Skywalker ainsi que son maître, Obi-Wan Kenobi, sur l´une des trois lunes de Naboo, Ohma-D´un. Il fut un atout important lors de cette bataille puisqu´il détruisit les stations contenant la substance chimique qui menaçait Naboo. Il reçut son surnom quelques instants avant la destruction de ces stations. Il engagea ensuite un combat contre le redoutable Durge, mais ne fut pas de taille et Anakin lui porta secours afin de lui éviter la mort.

Tout au long de son service dans l´armée de la République, il apprit à devenir de plus en plus indépendant. Lors de l´avancée républicaine sur Jabiim, il voulut précipiter les choses afin de remporter rapidement la guerre mais le Général Kenobi ne prit pas en compte ses plans qui n´étaient pas en concordance avec la philosophie Jedi. Il ne voulait faire aucune faveur à l´ennemi, jugeant que la peur des membres de la résistance sur Jabiim envers l´armée de la République serait un atout majeur, donc il préconnisait l´exécution de tous les survivants. Peu de temps après le début des hostilités sur la planète, Alpha et Obi-Wan se retrouvèrent dans un AT-AT gravement endommagé afin de sauver des soldats clones. Malheureusement, le véhicule explosa alors que tous deux se retrouvaient à l´intérieur. Ils furent portés disparus...

Trois semaines complètes passèrent sans qu´ils ne donnent signe de vie. Ils furent en fait détenus prisonniers par Asajj Ventress sur la planète Rattatak. Celle-ci tortura Alpha en le coupant à plusieurs endroits sur le corps. Heureusement pour la République, aucun renseignement ne fut divulgué grâce à l´entraînement rigoureux qu´il avait suivi plusieurs années auparavant. Obi-Wan et lui réussirent à s´évader de la planète en volant le vaisseau personnel de Ventress. Ils se rendirent près de Riflor, mais durent atterir d´urgence étant pourchassés par plusieurs Chasseurs Droides. Cependant, la planète était contrôlée par des chasseurs de primes. Kenobi et lui restèrent en vie grâce à leurs habiletés respectives, mais ce ne fut pas suffisant. Ils eurent besoin de l´aide d´Anakin.

Ses exploits héroïques furent récompensés puisqu´il fut assigné pour entraîner un lot de commandants clones, une nouvelle unité de l´armée républicaine. Il lui fallut retourner sur Kamino. Dans les derniers mois de la guerre, Alpha fut réassigné en tant que pilote d´ARC-170 et il aida Obi-Wan et Anakin à se débarasser de plusieurs Chasseurs Droides près de Maramere.