La Guerre des Clones continuait de ravager de nombreux systèmes et de nombreux peuples. Elle finit par toucher la planète marécageuse Jabiim, une sombre planète où la lumière du jour se faisait rare, la pluie, les nuages noirs et les orages dominant le ciel. Cette planète se situait dans la Bordure Extérieure. Elle appartenait à la République depuis plus de trois mille ans.

Tout débuta à cause d´un homme, Alto Stratus, le commandant Séparatiste Jabiimien. Il prit le pouvoir en tuant la majorité des loyalistes du congrès Jabiimien. Quelques-uns, dont le capitaine Gillmunn, avaient réussi à y échapper. Gillmunn devint d´ailleurs le dernier et seul opposant à Alto Stratus. Pour rallier la population à sa cause, Stratus évoqua les anciens évènements ayant marqué la planète : l´épidémie de peste cérébrale, l´invasion des Trandoshans, le massacre causé par les pirates Lithiens. Jamais la République ne leur était venue en aide malgré leurs appels désespérés. Elle n´était là que depuis qu´avait été découvert du minerai. Lui et ses partisans étaient prêts à faire sécession. Le système d´Alderaan tenta de résoudre le conflit par des négociations, mais celles-ci échouèrent rapidement. Les dirigeants de Jabiim ne voulaient rien entendre, ils soutenaient Alto Stratus, l´homme qui allait libérer leur planète du joug républicain.

Voyant cette situation, le Sénat envoya un détachement militaire composé de milliers de soldats clones et de plusieurs Jedi de tous niveaux. La République voulait reprendre Jabiim pour sa position stratégique et pour son cœur de minerais. Alto Stratus s´allia avec la Confédération des Systèmes Indépendants, et le comte Dooku offrit du matériel et des soldats droïdes en échange de droits exclusifs sur les mines. Les troupes républicaines dirigées par le général Obi-Wan Kenobi partirent en direction de la planète, restant un moment sur la planète Handooine pour se préparer à l´assaut. Le général Kenobi déclencha la bataille depuis cette planète. Les troupes de soldats clones arrivèrent sur Jabiim rapidement. Après plusieurs jours de violents combats, les troupes républicaines avaient réussi à détruire une douzaine d´avant-postes, mais il n´y avait aucun signe ni de Stratus ni du matériel de guerre fourni par la Confédération. De nouveaux véhicules républicains entrèrent en action dans cette bataille, comme les premiers prototypes des immenses quadripodes AT-AT, secondant les chars AT-TE de la République empêtrés dans la boue. Des nuages menaçants commençaient à gagner le ciel. Sans le savoir, la République venait de tomber dans un piège mortel.

Une quinzaine de jours passèrent, animés par de nombreux combats où les troupes républicaines détruisirent les faibles postes résistants Jabiimien pour faire progresser le front. Stratus, bien caché, profita de la situation et distilla des rumeurs à propos des Jedi – soi-disant gardiens de la paix galactique – n´hésitant pas à couper en morceaux femmes et enfants durant les combats. Obi-Wan Kenobi ordonna finalement un regroupement au camp le plus proche. Là-bas, il rencontra le maître Jedi Sirrus, maître d´Aubrie Wyn. Les rebelles Jabiimiens blessés et encore vivants capturés furent soignés par des Jedi possédant des dons de guérisseurs.

Le soldat clone ARC Alpha souleva un grand problème : chaque fois que les armées républicaines découvraient et prenaient une nouvelle position militaire, ils s´éloignaient de plus en plus de la base Refuge où se trouvaient les renforts, le ravitaillement et les nouveaux quadripodes. La base Refuge républicaine fut attaquée par surprise peu de temps après par les armées droïdes et par les troupes d´élites Nimbus dirigées par Alto Stratus, se déplaçant rapidement avec des bottes antigravité. Un des nombreux Jedi présents tenta de communiquer avec Obi-Wan mais il fut tué avant d´avoir pu le prévenir. Les renforts ne pouvaient pas atterrir à cause du temps orageux et beaucoup de prototypes de AT-AT furent touchés par les tirs ennemis - certains s´embourbèrent, devenant des cibles faciles. Un général Jedi nommé Leska essaya de faire sortir un des AT-TE de la boue en utilisant la Force, mais elle fut surprise par Alto Stratus qui tenta par derrière de la poignarder. Elle fut sauvée in extremis quand Obi-Wan Kenobi, Anakin Skywalker et Alpha, ainsi que maître Sirrus et des contingents de soldats clones à pied arrivèrent en renfort à bord d´un speeder pour rassembler les troupes restantes et organiser un repli. Anakin engagea un combat face à Stratus mais ce dernier pris la fuite grâce à ses bottes répulsives.

Beaucoup de Nimbus étaient également équipés de ces bottes qui leur permettaient de se déplacer très rapidement, même sur de la boue. Quand un AT-AT arriva enfin à se mettre en marche, Alto Stratus donna l´ordre à deux de ses hommes de détruire l´engin avant de se replier. Ils posèrent des charges explosives sur les pattes qui firent exploser l´appareil, ce dernier chutant violemment. Sirrus, Obi-Wan et Alpha se dirigèrent vers l´AT-AT pour sauver les soldats clones survivants à l´intérieur. Anakin envoya un message à Obi-Wan pour lui dire que la base était désormais sécurisée. Le quadripode explosa soudainement au sol, tuant apparemment tous ceux qui se trouvaient à l´intérieur, et Obi-Wan et Alpha furent laissés pour mort dans l´explosion. Depuis cet évènements tragique, la bataille continua à faire rage, les deux camps s´affrontant tous les jours sous un temps pluvieux, personne ne prenant l´avantage. Le bilan des victimes devint de plus en plus lourd. Le vingt-huitième jour de combat, un Jedi Twi´lek agenouillé au milieu des cadavres des clones fut confronté à la colère grandissante d´Alto Stratus. Bien qu´il crut en la Force et qu´il était sans aucune défense, Stratus l´égorgea de son épée. Le général Séparatiste jura solennellement que tous les Jedi présents sur la planète connaitraient bientôt la souffrance. Sur ce point, il n´avait pas tort.

Le trentième jour de combat, à la base Refuge, le capitaine Gillmunn informa le général Jedi Leska que les armées du général Norcuna avait été anéanties alors qu´elles approchaient de la ville de Schoal. Leska sut alors qu´elle était dorénavant la Jedi la plus haut gradée sur Jabiim. Elle réclama un bref rapport de la situation. Gillmunn lui expliqua qu´Alto Stratus et ses hommes les avaient mis en déroute dans presque tout l´hémisphère Nord de la planète. La bataille avait été extrêmement meurtrière et elle avait causé le décès de dix-huit Jedi et de neuf mille soldats clones. Leska et Gilmun se retrouvèrent face à un spectacle terrifiant, un champ de cadavres recouverts par de sinistres bâches grises.

Mais tout espoir n´était pas perdu... Les services de renseignements de Gillmunn avaient réussi à localiser Stratus sur la Côte du Rasoir. S´ils réussissaient à le capturer, ils obtiendraient certainement la rédition des autres séparatistes Jabiimiens. Le général Leska donna l´ordre de mobiliser toutes les armées et de retrouver tous les padawans survivants pour les retourner avec le convoi de ravitaillement, ne pouvant supporter de voir de nouveaux "enfants" se faire tuer.

Le trente-deuxième jour, un groupe de padawans "orphelins", composé d´Anakin Skywalker, de Zule Xiss, de Tae Diath (le neveu de Nico Diath), de Vaabesh, d´Aubrie Wyn, de Windo « Warble » Nend, de Kass Todd, de Mak Lotor et d´Elora Sund luttait dans la pénombre d´un marais sous une pluie battante et sous de violents éclairs. Ils étaient encore protégés par une dizaine de soldats clones. Ils étaient assaillis par une escouade de super droïdes de combat. Anakin Skywalker arriva derrière eux et il les trancha les uns après les autres par surprise. C´était une technique mise au point par Obi-Wan Kenobi. Ils regagnèrent ensuite le convoi de ravitaillement destiné à la station Cobalt, où Anakin apprit qu´ils avaient encore perdu trois positions avancées et qu´il fallait à tout prix amener le convoi à la station Cobalt s´ils ne voulaient pas en perdre une autre. Mak Lotor et Kass Todd se trouvaient sur un véhicule pour analyser les scanners et aucun droïde n´était en approche. Les deux Jedi se rendirent compte qu´ils avaient des sentiments l´un pour l´autre, et sentant que leur fin allait peut-être bientôt venir, ils s´abandonnèrent à l´amour, faisant ainsi entrave au Code Jedi, qui en ces temps de guerre, devint pour plusieurs bien plus que secondaire.

Le trente-troisième jour, sur la Côte du Rasoir, la tempête s´intensifiait. Un Nimbus révéla à Stratus que le convoi de ravitaillement de la République se dirigeait vers la station Cobalt. Il révéla aussi que plusieurs jeunes Jedi étaient présents et qu´ils allaient droit vers un champ de mines. Stratus donna l´ordre de rassembler les troupes de Nimbus : il mènerait l´attaque personnellement. Le trente-quatrième jour, le convoi continuait son chemin vers la station. Un bipode marcha en plein sur une mine, ce qui provoqua l´explosion de l´appareil et sa chute sous l´étonnement des Jedi et des clones. Des Nimbus menés par Alto Stratus se déployèrent et firent immédiatement feu. Une violente bataille s´engagea au milieu de l´explosion de nombreuses mines. Anakin Skywalker fit sauter un amas de mines grâce à la force en y jetant la carcasse du bipode. Il élimina beaucoup de soldats grâce à cette manœuvre, mais lui et les siens étaient toujours en nette infériorité numérique face aux armées de Stratus. Elora Sund vola les bottes répulsives d´un cadavre et grâce à la vitesse procurée par ces bottes, tua de nombreux Nimbus. Mak Lotor utilisa le peu de pouvoir qu´il lui restait en faisant exploser le champ de mines puis tomba dans le coma, à bout de forces. Anakin se retrouva seul face à Alto Stratus mais les deux combattants furent rapidement séparés par une violente explosion. Anakin et Mak furent secourus et tous quittèrent le champ de bataille. Ils étaient en sécurité, mais plus pour longtemps .

Le trente-cinquième jour, le général Leska et ses armées de clones avaient réussi à anéantir les Séparatistes sur la Côte du Rasoir au prix de lourdes pertes, mais il n´y avait toujours aucun signe d´Alto Stratus. Ailleurs, Stratus se relevant suite au choc qu´il avait subi à cause de l´explosion, fut informé par un soldat que le convoi se dirigeait toujours vers la station Cobalt. Stratus demanda de rappeler toutes les unités disponibles, il fallait les regrouper pour mener un assaut dévastateur sur la station Cobalt pour la réduire à néant.

Le trente-septième jour, le général Leska et ses clones luttaient ardemment depuis deux jours face aux innombrables armées droïdes de la Confédération, quand soudain un rayon de lumière perça les sombres nuages, le soleil apparaissant enfin et les ténèbres se dissipant lentement. Leska fut distraite par le magnifique spectacle et par la joie de retrouver enfin la lumière, et malheureusement, elle fut atteinte par une rafale de tirs de blaster et elle s´effondra. Dans un dernier souffle, elle prévint les padawans du danger grâce à la Force, les suppliant de partir. À la station Cobalt, le convoi de ravitaillement étant arrivé depuis deux jours, le groupe de padawans remarqua l´éclaircie au loin. C´est alors que Vaabesh repéra grâce à son viseur une armada de barges de débarquements C-9979, les renforts ennemis ayant pu atterrir grâce à cette éclaircie. Alto Stratus et un groupe de soldats attendaient dans une immense plaine, les barges se posant une a une. La rampe de la première s´ouvrit pour laisser sortir un groupe de grands droïdes assassins. Des droïdes de combat et des machines de guerre sortirent des autres barges. Fort de ses nouvelles troupes, Stratus espérait donner le coup fatal a la République.

À l´intérieur de la station Cobalt, les padawans se réunirent pour écouter un message holographique du capitaine Gillmunn, qui fit un rapport de la situation : lui, les soldats clones et les loyalistes Jabiimiens s´étaient repliés dans une mesa au sud de la station Cobalt. Devant la tournure dramatique de la bataille, la République avait prévu l´évacuation de leurs troupes, mais les vaisseaux ne pouvaient pas atterrir tant que la tempête ne cesserait pas. Il leur révéla que Stratus était en marche vers le site d´évacuation avec plus de dix milles droïdes et soldats. La station Cobalt était le seul rempart entre Stratus et le site. Il leur annonça que leur général, la Jedi Leska, avait été tuée, et que plus personne n´était en mesure d´établir une stratégie, et que par conséquence, il n´y avait plus d´ordres a donner. Il leur souhaita bonne chance et coupa la communication. Les padawans étaient les derniers soldats qui pouvaient retarder les armées de Stratus, et d´un commun accord, ils acceptèrent de combattre, sachant parfaitement que c´était une bataille impossible à remporter. Elle leur permettrait seulement de retarder les Séparatistes - la guerre devait continuer ailleurs. Alto Stratus et ses troupes approchaient. Celles-ci étaient composées de chars d´assaut blindés, de nombreux Nimbus armés de puissants blaster, de droïdes Araignées de localisation, de Transports Multi-Troupe, d´innombrables droïdes de combats et de droïdes assassins. De leur côté, les Jedi et les clones étaient prêts. Ils possédaient des détonateurs thermiques, des blasters et des tours de défenses bien armées.

Peu avant la bataille, Anakin reçut un message du Chancelier Suprême Palpatine. Celui-ci lui demanda de diriger l´évacuation des troupes de soldats clones. Anakin accepta à contrecœur, et Aubrie, présente, accepta la décision du Chancelier. Elle confia à Anakin l´holocron de son maître Sirrus et lui demanda de le rapporter au Temple Jedi de Coruscant. Le trente-neuvième jour, Anakin partit sur un speederbike en direction du site d´évacuation. Quelques heures plus tard, les armées de Stratus atteignaient la station. Une première vague de droïdes Hailfire fut envoyée pour anéantir les canons et causa de nombreux morts dans les rangs des clones. Les Nimbus et les droïdes assassins partirent pour tuer les padawans terrés dans les tranchées. Alto Stratus déclara qu´ils seraient tous mort avant le coucher du soleil. Le quarantième jour, le Jedi Tae Diath, épuisé de livrer bataille face aux droides, fut pris pour cible par trois droïdes assassins et il s´effondra sous les tirs. La Jedi Sullustéenne Elunda Sund s´écroula, elle aussi, suite a la mort de son ami, à cause d´un contrecoup psychique étant donné qu´elle était liée à lui. Le quarante-et-unième jour, la bataille faisait toujours rage et devenait de plus en plus violente. Le Jedi Windo "Warble" Nend fut blessé par une explosion; il vit un immense droïde Hailfire se diriger vers lui. Avant de se faire écraser par la machine, impuissant, il déclencha une grenade qui fit exploser le véhicule. Zule Xiss, ancienne padawan de maître Glaive ayant jadis combattu avec Obi-Wan et Anakin à Ohma-Dun, littéralement submergée par les droïdes, succomba au Côté Obscur. Elle utilisa la haine, la colère, pour arriver à détruire ses ennemis. Les autres padawans la laissèrent faire, car elle était toujours dans leur camp et selon eux, de toute façon, cela n´avait plus beaucoup d´importance. Zule se jeta sur le corps blessé d´un Nimbus. Elle leva son sabre laser. Elle ne vit que trop tard le danger quand le Nimbus sourit : un immense quadripode prototype de AT-AT explosa et chuta vers elle. Elle souhaita bonne chance aux autres et mourut à son tour.

Le quarante-deuxième jour, alors qu´Anakin parcourait toujours les terres désolées de Jabiim avec son speederbike, il fut attaqué par une escouade de droïdes assassins. Il les trancha un à un sans grandes difficultés mais son speederbike fut détruit, ce qui l´obligea à continuer son chemin à pied.

À la station Cobalt, la bataille faisait ses dernières victimes. Un combat s´engagea entre Alto Stratus et les deux Jedi Kass Tod et Mak Lotor. La jambe droite d´Alto Stratus fut tranchée lors de ce duel et il s´effondra dans une grande souffrance. Mais il avait lui aussi grièvement blessé Mak durant l´affrontement. Une nuée de missiles tirés par les Hailfire se dirigèrent vers les Jedi, et même si Mak tenta de les retenir avec la Force, n´étant plus assez puissant pour les arrêter, et Kass Tod acceptant son destin, il les laissa passer. Mak Lotor et Kass Tod moururent ensemble comme ils l´avaient voulu.

Le quarante-troisième jour, la bataille arriva à son terme. Les derniers Jedi succombèrent, la combinaison pressurisée de Vaabesh fut déchirée et il mourut d´empoisonnement en raison de l´air nocif pour ceux de son espèce. Avant de succomber, il confia son sabre-laser à la dernière Jedi survivante, Aubrie Wyn. Celle-ci se dirigea vers Alto Stratus en tuant les Nimbus se dressant sur son chemin. Elle leva ses sabres vers lui mais Stratus accusa les Jedi d´être responsables de cette guerre et sortit rapidement un blaster avec lequel il tira dans le ventre de la Jedi. Dans un dernier souffle, Aubrie s´effondra sur Stratus en le transperçant avec ses sabres. La bataille était terminée. Le calme revint, des dizaines de cadavres et des machines de guerres mises hors d´état gisant au sol. La guerre avait fait ses ravages.

À la Mesa de la Mousson, le site d´évacuation, Anakin avait rejoint le capitaine Gillmunn et les autres. Un Croiseur de la République se posa, suivi par une nuée de canonnières. Le capitaine du vaisseau sortit et révéla à Anakin que deux vaisseaux avaient été perdus dans la couche atmosphérique. Le temps pressait et il ne pourrait pas transporter tout le monde. Anakin se retrouva face à un choix extrêmement difficile : sauver les soldats clones qui pourraient servir pour d´autres batailles ou sauver les rebelles Jabiimien. Il choisit à contrecœur les clones qui représenteraient un avantage militaire pour des batailles dans d´autres systèmes. Dégoûté par ce choix, le capitaine Gillmunn frappa Anakin et il le menaça de son arme, ainsi que ses hommes, et ordonna la réquisition des vaisseaux. Anakin se releva et demanda à Gillmunn de baisser son arme, puis devant le refus de celui ci, il l´étrangla grâce à la Force, Gillmunn tombant à genoux. Les clones montèrent à bord du vaisseau de type Radiant VII et des canonnières. Anakin monta à son tour. Par vengeance, les rebelles Jabiimien lancèrent une pluie de pierres en direction des vaisseaux. Ils n´oublieraient jamais cette effroyable trahison de la part de la République. Les canonnières rentrèrent dans des vaisseaux de classe Acclamator situé en orbite de Jabiim. À noter que vingt ans plus tard, le fils de Skywalker rencontrera lui aussi des difficultés sur Jabiim, où il y apprit les actes de son père, et unira enfin les Jabiimiens à l´Alliance Rebelle, successeur de la République.

Deux jours après ce retrait, les vaisseaux spatiaux de classe Acclamator atteignaient une cité de la planète New Holstice, dans la Bordure Médiane. Tous les clones sortirent sur une gigantesque place. Les blessés furent emmenés et Anakin Skywalker fut envoyé dans une infirmerie pour guérir les personnes sur le point de mourir. Une fois dans le centre médical, il rencontra le Jedi Tusken A´Sharad Hett et son padawan Nikto, Bath Jule, tous deux revenus de leur mission sur Metalorn où ils avaient réussi à prendre la planète. Anakin eut la tache de veiller auprès de la Jedi mourante et aveugle Sora Morabi, qui après avoir mené une lutte exemplaire face à des terroristes Ithoriens, avait été trahie par son padawan, qui fut tué lors d´une explosion qui l´avait elle aussi touchée. Anakin essaya de masser son cœur grâce à la Force, ayant compris comment effectuer une pression à l´aide de la Force. Elle ressentit de vives souffrances, mais Anakin était résolu à l´empêcher de mourir. Comme le fit remarquer A´Sharad Hett, on ne pouvait contrer la mort, et la Jedi s´éteignit quelques secondes plus tard. Anakin ne pouvait accepter d´être impuissant face à la mort, lui qui voulait toujours tout contrôler. Ce problème l´avait déjà préoccupé lors de la mort de sa mère sur Tatooine.

Souffrant encore de la mort d´Obi-Wan Kenobi, Anakin fut conduit à l´extérieur du centre par A´Sharad Hett. Il lui montra un mémorial créé il y a des millénaires par les gens de New Holstice pour rendre hommage aux Jedi morts depuis la naissance de la République. Il s´agissait d´une gigantesque colonne lumineuse et bleutée composée de mites de mémoires immortelles, une mite étant ajoutée chaque fois qu´un Jedi tombait au combat. Depuis le début de la Guerre des Clones, le monument était de plus en plus éblouissant. La mite de mémoire répétait éternellement le nom que l´on lui demandait de prononcer. A´Sharad Hett donna à Anakin un bocal remplis de ces mites, pour que les noms des Jedi morts sur Jabiim ne soient jamais oubliés. Anakin relâcha les mites une à une, et avec grande tristesse, il donna les noms des Jedi qu´il avait vu mourir lors de la sinistre bataille : Kass Todd, Mak Lotor, Tae Diath, Elora Sund, Vaabesh, Zule Xiss, Windo « Warble » Nend, Aubrie Wyn et Obi-Wan Kenobi. A´Sharad Hett rajouta le nom Sora Morabi. Le maître Jedi Ki-Adi-Mundi arriva à cet instant pour annoncer aux Jedi Anakin Skywalker, A´Sharad Hett et Bath Jule qu´ils devaient partir avec lui sur Aargonar, car un nouveau front s´était créé. Sur Rattatak, dans les entrailles d´une prison, Obi-Wan Kenobi et Alpha étaient emprisonnés et torturés par nulle autre qu´Asajj Ventress. Sans que Skywalker ne le sache, son maître avait survécut.

Le terrible échec de Jabiim ne fut jamais débattu au Sénat Galactique, le Chancelier Suprême Palpatine préférant minimiser cette défaite pour éviter de montrer des signes de faiblesses de la part de la République, ce qui aurait provoqué la perte d´autres systèmes qui se seraient ralliés à la Confédération.