Bien que les soldats clones étaient tous génétiquement identiques, certains groupes reçurent des formations et entraînements particuliers. Après l´expérience réussie des Clones de Reconnaissance Avancée ou soldats ARC qui étaient des soldats d´élite, il apparut que l´Ancienne République avait besoin d´un nouveau genre de clones spécialisés : les commandants clones. Sur les champs de bataille, les généraux Jedi ne pouvaient à eux seuls gérer les multiples bataillons clones, et les capitaines clones étaient beaucoup trop dépendants d´eux pour pouvoir adapter leur stratégie à l´ennemi et les vaincre.

Les soldats ARC avaient démontré qu´une plus grande autonomie et indépendance étaient nécessaires sur le terrain, et ce depuis les premiers mois de la guerre avec la bataille de Kamino, puis d´Ohma D´un et enfin lors de leur premier déploiement en masse sur Muunilinst. Les généraux Jedi, qui commandaient les armées, étaient trop peu nombreux pour diriger tant d´hommes et ne pouvaient se reposer que sur très peu d´intermédiaires avec leurs troupes. Le manque de Jedi croissant au cours de la guerre fit réfléchir les stratèges : il fallait de nouveaux soldats capables de pouvoir prendre le relais et d´aider les Jedi dans les batailles, au risque de perdre la Guerre des Clones au profit des séparatistes. Des batailles comme celle de Jabiim, se produisant de quinze à seize mois après la bataille de Géonosis minèrent les rangs des Jedi. La réponse ne se fit plus longtemps attendre : cinq mois plus tard, les plus émérites des soldats clones étaient envoyés sur le terrain, avec pour grade celui de commandant.

Des clones spécialisés avaient été créés. Les derniers commandants clones, trop dépendants, reconnaissables aux lignes jaunes sur leurs armures, ne faisaient pas le poids face aux droïdes. Ces nouveaux soldats, généralement de la première vague (comme Bly), avaient en plus d´une formation plus aboutie reçu les enseignements techniques du soldat ARC A-17, connu sous le pseudonyme d´Alpha, qui visait à les rendre plus autonomes et plus compétents, ainsi que de quelques autres ARC venus pour les aider Les futurs commandants clones étaient entraînés au maniement des armes et de leur évolution, comme le DC-15S ou DC-15A, passaient des journées dans des simulateurs de combat, étaient conditionnés pour la guerre et à l´obéissance vis à vis de leurs généraux Jedi. Ils pouvaient néanmoins répondre à un ordre direct du Chancelier Palpatine qui primait sur tous les autres ordres : l´Ordre 66. Les premiers commandants clones envoyés sur le terrain prouvèrent aux Jedi leur utilité. Alors que leur armure changeait, renforcée, modifiée au niveau du casque par une visière plus large et un système respiratoire plus voyant, se rapprochant de celui des stormtroopers du futur Empire, les commandants clones se distinguèrent les uns des autres.

Sous l´impulsion du jeune Anakin Skywalker, Alpha décida de donner un nom aux différents commandants clones. Avoir une propre identité leur permettraient d´avancer sur le chemin de l´indépendance. Parmi les plus connus des commandants clones envoyés sur le terrain pendant la guerre, on pourrait citer le commandant Cody, de matricule 2224, souvent assigné au général Kenobi, le commandant 5054 dit Bly, le commandant 1138, Bacara, sous les ordres de Ki-Adi-Mundi, le commandant 1004, Gree, second de Yoda sur Kashyyyk, Neyo, posté sur Saleucami avec Stass Allie, ainsi que Odd Ball, tué lors de la bataille de Coruscant à bord de son ARC-170, Appo (1119), dirigeant les opérations sur l´assaut du Temple Jedi, Thire et Fox, respectivement soldat de choc et défenseur de Coruscant et enfin Kagi, responsable de la navette Theta personnelle de Palpatine.

Outre leur nom, les commandants clones étaient différentiables par leur armure : des traits de couleur, peints sur ces dernières, étaient différents selon le clone, du jaune pour Bly au vert pour Gree en passant par l´orange pour Cody. De plus, leur casque était souvent modifié : c´était le cas de celui du commandant Bly avec une visière avec macrobinoculaires intégrées, ou encore du commandant Neyo, plus allongé. Autrement, le costume de certains commandants clones était généralement le même que celui des soldats ARC : une bandoulière de munitions, un bout de tissus au niveau de la taille, assez de place pour deux blasters légers au niveau des mollets, des bottes renforcées et une épaulette pour rappeler le rang au niveau de l´épaule gauche. Pendant plus d´un an, les commandants clones combattirent aux côtés des Jedi. Certains devinrent presque les amis des Jedi : Cody se lia d´amitié à Obi-Wan Kenobi, très souvent envoyé en mission avec lui. Mais cette amitié fut rompue à la fin de la guerre.

La Guerre des Clones se termina peu de temps après la bataille de Coruscant. Après d´habiles manœuvres politiques et la tentative d´arrestation avortée de Mace Windu, le Chancelier Suprême Palpatine, désormais révélé comme étant le Seigneur Noir des Sith Dark Sidious, ordonna à ses soldats clones se de débarrasser des Jedi. Il leur ordonna à tous la mise en application de l´Ordre 66. Cody n´hésita pas une seconde à faire feu sur Obi-Wan sur Utapau, pas plus que Bacara à tuer Ki-Adi-Mundi sur Mygeeto et Bly à lâchement surprendre Aayla Secura sur Felucia. Certains Jedi survécurent à cette embuscade, d´autres pas. De nombreux clones furent tués, comme le commandant Gree ou encore Appo durant l´attaque du Temple, mais après cette révolte, c´était à peine s´il restait une centaine de Jedi encore vivants dans la galaxie. Les commandants clones ayant accompli leur mission, ils furent finalement intégré à l´Ordre Nouveau de Palpatine. Devenus stormtroopers impériaux, ils continuèrent de servir un tyran, sans même éprouver le moindre remord pour ce qu´ils avaient fait.