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Bien que Coruscant et les Mondes du Noyau étaient considérés comme le berceau de la civilisation galactique, il n´en étaient pas pour autant le centre géographique. Cet honneur revenait à la région connue sous le nom de Noyau Profond, un amas de planètes et d´étoiles aussi mystérieuses que dangereuses. Constitué de nombreuses anomalies gravitationnelles, le Noyau Profond demeura aussi peu exploré que les Régions Inconnues et, malgré la période d´expansion sous l´égide de Palpatine, rares furent les mondes à être colonisés.

Dresser de nouvelles voies hyperspatiales dans le Noyau Profond revenait à parcourir en aveugle un labyrinthe au centre duquel se trouverait un immense trou noir. Voyager dans le Noyau était extrêmement difficile du fait de la présence constante d´amas d´étoiles et de trous noirs. Lorsque les corps stellaires sont éloignés, comme dans la majorité de la galaxie, trouver un trajet sûr ne relève que de calculs visant à éviter le puit gravitationnel d´objets célestes. Mais dans le Noyau Profond, la moindre erreur ou approximation entraînait une mort certaine. Au beaux jours de l´Ancienne République, des éclaireurs téméraires trouvèrent de nouveaux itinéraires en sautant en hyperespace sur des vecteurs inconnus, nombreux furent ceux à découvrir des routes qui allaient leur assurer richesse et célébrité. Les rares routes sillonnant le Noyau Profond furent elles aussi tracées par d´audacieux explorateurs. Néanmoins, cette région demeura largement inexplorée et les quelques voies cartographiées furent gardées secrètes.

Ce fut avec l´avènement de l´Empire Galactique que les choses changèrent. Palpatine sentant l´intérêt qu´il avait à étendre son pouvoir dans toute la galaxie ordonna plusieurs missions d´explorations dans le Noyau Profond qui permirent la découverte de nombreuses planètes et routes hyperspatiales. Utilisant les ressources infinies de l´Empire et grâce à une volonté de fer, Palpatine parvint à établir de nombreuses colonies au coeur du Noyau Profond. Promettant pouvoir, puissance et argent, il y attira de loyaux notables qu´il plaça à la tête de ces nouveaux mondes. Le programme fut une réussite totale pour l´Empire Galactique qui fit main mise sur cette région en gardant jalousement les données récoltées.

Quand le Nouvel Ordre s´effondra, le Noyau Profond devint le point de ralliement de l´essentiel de la Flotte Impériale. Ces fidèles officiers perpétuèrent le mode de vie de l´Ordre Nouveau dans la Noyau Profond alors même que la Nouvelle République atteignait son apogée. Bon nombre de ces hommes qui s´y terraient étaient considérés comme aussi fanatiques que certains dignitaires réfugiés dans les Vestiges de l´Empire. Agissant depuis le mystérieux monde de Byss, des Seigneurs de Guerre et autres officiers auto proclamés se regroupèrent pour frapper toujours plus fort la Nouvelle République. Lorsque la Nouvelle République commença à s´interroger sur les forces ennemies stationnées dans cette région, il était déjà trop tard. L´Empereur Palpatine, réincarné dans un corps cloné, lança depuis le Noyau une série d´attaques qui mirent à terre la République et ce, en quelques mois. Le Sith compta sur l´utilisation de technologies redoutables mises au point secrètement dans la Noyau Profond. Des Dévastateurs de Mondes au Canon Galactique en passant par les destroyers de classe Eclipse et Souverain, l´arsenal impérial fut dès lors plus conséquent face à la flotte républicaine. Néanmoins, une contre attaque fut lancée. Les pertes furent immenses pour les deux factions, mais privée à nouveau de son Empereur, les forces impériales perdirent de leur supériorité. Bientôt, les bases impériales furent démantelées et le Noyau redevint silencieux.

Il fallut attendre que 25 ans s´écoulent depuis la mort de l´Empereur avant que le gouvernement galactique ne se rende réellement compte de l´emprise qu´avait eu Palpatine sur le Noyau Profond. Grâce à des négociations entre le grand amiral Pellaeon et Leia Organa Solo, la Nouvelle République accéda aux banques de données impériales et put mettre à profit les informations qu´elle venait d´obtenir. Grâce à la complexité de cette région, la Nouvelle République, l´Ordre Jedi et bien d´autres combattants pour la liberté utilisèrent la nature du Noyau Profond à leurs fins pour mettre en échec les redoutables Yuzzhan Vong. la Bataille d´Ebaq IX, véritable tournant dans le cours de la guerre, fut possible grâce aux anomalies présentes dans cette région.